FBIP: Establishment of a fully data-based and barcoded collection of mushroom pathogens for South Africa

Occurrence
Dernière version Publié par South African National Biodiversity Institute le sept. 30, 2020 South African National Biodiversity Institute
Date de publication:
30 septembre 2020
Licence:
CC-BY 4.0

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Description

The establishment of a database for mushroom pathogens, including establishing a DNA reference library for quick identification.

Enregistrements de données

Les données de cette ressource occurrence ont été publiées sous forme d'une Archive Darwin Core (Darwin Core Archive ou DwC-A), le format standard pour partager des données de biodiversité en tant qu'ensemble d'un ou plusieurs tableurs de données. Le tableur de données du cœur de standard (core) contient 286 enregistrements.

Cet IPT archive les données et sert donc de dépôt de données. Les données et métadonnées de la ressource sont disponibles pour téléchargement dans la section téléchargements. Le tableau des versions liste les autres versions de chaque ressource rendues disponibles de façon publique et permet de tracer les modifications apportées à la ressource au fil du temps.

Versions

Le tableau ci-dessous n'affiche que les versions publiées de la ressource accessibles publiquement.

Comment citer

Les chercheurs doivent citer cette ressource comme suit:

van der Linde E (2020): FBIP: Establishment of a fully data-based and barcoded collection of mushroom pathogens for South Africa. v1.0. South African National Biodiversity Institute. Dataset/Occurrence. http://ipt.sanbi.org.za/iptsanbi/resource?r=fbip1&v=1.0

Droits

Les chercheurs doivent respecter la déclaration de droits suivante:

L’éditeur et détenteur des droits de cette ressource est South African National Biodiversity Institute. Ce travail est sous licence Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0.

Enregistrement GBIF

Cette ressource a été enregistrée sur le portail GBIF, et possède l'UUID GBIF suivante : c566874c-6163-4098-8778-778fee6fa41f.  South African National Biodiversity Institute publie cette ressource, et est enregistré dans le GBIF comme éditeur de données avec l'approbation du South African Biodiversity Information Facility.

Mots-clé

Occurrence; Specimen

Contacts

Elna van der Linde
  • Fournisseur Des Métadonnées
  • Créateur
  • Personne De Contact
Manager: Mycology Unit, Biosystematics Programme
Agricultural Research Council, PPRI
Private Bag X134
0121 Queenswood
Gauteng
ZA
+27128088288
Mahlatse Kgatla
  • Distributeur
FBIP Data Specialist
SANBI
2 Cussonia Avenue, Brummeria
0184 Pretoria
Gauteng
ZA
0128435196

Couverture géographique

Global (Australia, Belgium, Canada, Denmark, France, Germany, Ireland, Ireland, Netherlands, New Zealand, Poland, RSA, The Netherlands, UK, USA)

Enveloppe géographique Sud Ouest [-90, -180], Nord Est [90, 180]

Couverture taxonomique

Identification of mushroom pathogens

Kingdom Fungi

Couverture temporelle

Date de début / Date de fin 1929-01-01 / 2011-10-01

Données sur le projet

The establishment of a database for mushroom pathogens, including establishing a DNA reference library for quick identification.

Titre FBIP: Establishment of a fully data-based and barcoded collection of mushroom pathogens for South Africa
Identifiant IBSG13052418260
Financement Foundational Biodiversity Information Programme
Description du domaine d'étude / de recherche Global (Australia, Belgium, Canada, Denmark, France, Germany, Ireland, Ireland, Netherlands, New Zealand, Poland, RSA, The Netherlands, UK, USA)

Les personnes impliquées dans le projet:

Elna van der Linde
  • Chercheur Principal

Méthodes d'échantillonnage

A comparison between the databases of the UP mushroom research group and PPRI concerning mushroom pathogens was done to identify any isolates that were not yet contained in both collections; these were revived and exchanged. Missing collection data were added as far as possible. The UP database was upgraded by an MSc student who also coordinated plating of cultures for barcoding and addition to the PPRI collection. Each isolate will have data fields containing the following information: o Numbers: PPRI number, UP collection number, any other collection/reference numbers (e.g. in case of foreign specimens) o Identity: genus, species, authors, synonyms o Higher classification: family, order, class etc. o Dates: dates collected, isolated, preserved, deposited o Host / substrate information: host type (= fungus), scientific and common name o Locality details: country, province, town, farm o Collector name, identified by, verified by o Barcoded: Y / N, and barcode reference no. referring to sequence file – to be added For barcoding, the mushroom pathogens (per genus) of the UP collection were plated and checked for viability and purity. This involved plating on required growth media, incubation, checking viability and purity and preservation of voucher cultures under water, under oil, ultra-low freezing as well as freeze drying. The SA isolates were done first, followed by the foreign ones.

Etendue de l'étude Global (Australia, Belgium, Canada, Denmark, France, Germany, Ireland, Ireland, Netherlands, New Zealand, Poland, RSA, The Netherlands, UK, USA)
Contrôle qualité None

Description des étapes de la méthode:

  1. NA

Métadonnées additionnelles