FBIP: Survey of invertebrate and microbial diversity of the Prince Edward Islands system

Occurrence
Последняя версия опубликовано South African National Biodiversity Institute мар 31, 2021 South African National Biodiversity Institute
Дата публикации:
31 марта 2021 г.
Лицензия:
CC-BY 4.0

Скачайте последнюю версию данных этого ресурса в формате Darwin Core Archive (DwC-A) или метаданных ресурса в форматах EML или RTF:

Данные в формате DwC-A Скачать 14 021 Записи в English (278 KB) - Частота обновления: unknown
Метаданные в формате EML Скачать в English (11 KB)
Метаданные в формате RTF Скачать в English (10 KB)

Описание

Environmental metagenomic data generated from sequencing amplicon of in-shore, off-shore and plant-associated soil microbial communities of the sub-Antarctic Prince Edward and Marion Islands

Записи данных

Данные этого occurrence ресурса были опубликованы в виде Darwin Core Archive (DwC-A), который является стандартным форматом для обмена данными о биоразнообразии в виде набора из одной или нескольких таблиц. Основная таблица данных содержит 14 021 записей.

Данный экземпляр IPT архивирует данные и таким образом служит хранилищем данных. Данные и метаданные ресурсов доступны для скачивания в разделе Загрузки. В таблице версий перечислены другие версии ресурса, которые были доступны публично, что позволяет отслеживать изменения, внесенные в ресурс с течением времени.

Версии

В таблице ниже указаны только опубликованные версии ресурса, которые доступны для свободного скачивания.

Как оформить ссылку

Исследователи должны дать ссылку на эту работу следующим образом:

Dorrington R (2021): FBIP: Survey of invertebrate and microbial diversity of the Prince Edward Islands system. v1.0. South African National Biodiversity Institute. Dataset/Occurrence. http://ipt.sanbi.org.za/iptsanbi/resource?r=fbip111&v=1.0

Права

Исследователи должны соблюдать следующие права:

Публикующей организацией и владельцем прав на данную работу является South African National Biodiversity Institute. Эта работа находится под лицензией Creative Commons Attribution (CC-BY 4.0).

Регистрация в GBIF

Этот ресурс был зарегистрирован в GBIF, ему был присвоен следующий UUID: 5c23cc27-be23-48fe-bd70-a0cef232138d.  South African National Biodiversity Institute отвечает за публикацию этого ресурса, и зарегистрирован в GBIF как издатель данных при оподдержке South African Biodiversity Information Facility.

Ключевые слова

Occurrence; Sagina procumbens; Azorella selago; plant rhizosphere; soil microbial communities; Penicillium; Trichoderma; Ascomycetes; Specimen; Prince Edward Islands (Marion and Prince Edward); polar ecosystems; climate change; biodiversity survey; Invertebrates; microbials; terrestrial habitats

Контакты

Rosemary Dorrington
  • Metadata Provider
  • Originator
  • Point Of Contact
Professor
Rhodes University
Room 515, Biological Sciences Building, Prince Alfred Road
6140 Grahamstown
Eastern Cape
ZA
+27 46 6038442
Mahlatse Kgatla
  • Distributor
Data Quality Specialist
SANBI
2 Cussonia Avenue
0184 Pretoria
Gauteng
ZA
0128435196

Географический охват

Prince Edward and Marion Islands

Ограничивающие координаты Юг Запад [-47,5, 37,3], Север Восток [-46,5, 38,5]

Таксономический охват

microbial diversity

Kingdom Bacteria, Archaea, Eukaryota, Fungi

Временной охват

Дата начала / Дата окончания 2012-04-25 / 2016-05-28

Данные проекта

Environmental metagenomic data generated from sequencing amplicon of in-shore, off-shore and plant-associated soil microbial communities of the sub-Antarctic Prince Edward and Marion Islands

Название FBIP: Survey of invertebrate and microbial diversity of the Prince Edward Islands system
Идентификатор FBIS150518118100
Финансирование Foundational Biodiversity Information Programme
Описание района исследования Prince Edward and Marion Islands

Исполнители проекта:

Rosemary Dorrington
  • Owner

Методы сбора

- Soil/root samples were collected from various plants occuring on Marion Island, these samples were stored at -20oC and sent to the laboratory for analysis. Despite being frozen isolations were performed. - Surface seawater (taken from a depth of 5 m) and for the illumina samples (depth was approx 5m) was filtered through 100 µm mesh, followed by polyethersulfone membrane filters (0.22 µm) to collect bacteria. Filtered seawater and the filters were stored separately at -20ºC.

Охват исследования Survey and metabarcoding of microorganism in Prince Edward and Marion Islands
Контроль качества No

Описание этапа методики:

  1. Standard mycological culturing methods, used standard sequencing methods: - 16S rRNA genes using bacterial targeting and archaea targeting primers and 18S rRNA genes using universal eukaryote primers were amplified via polymerase chain reactions using genomic DNA extracted from biomass which was collected on the polyethersulfone membrane filters. Polymerase chain reaction products were sized on an agarose gel and extracted. The cleaned up extractions were then sequenced via pyrosequencing and Illumina sequencing. Sequence reads were curated using Mothur. - Extraction of genomic DNA from soil samples, followed by polymerase chain reaction (PCR) amplification of 16S rRNA and 18S rRNA gene for selected samples. PCR products were cut out from agarose gels to ensure the correct PCR product was obtain, each correct product was extracted from the gel and then purified, followed by sequencing on the Illumina platform. Raw sequence reads were curated using Mothur and classified according to the Silva v132 database. - Extraction of genomic DNA from root samples, followed by polymerase chain reaction (PCR) amplification of the ITS1 region. PCR products were cut out from agarose gels to ensure the correct PCR product was obtain, each correct product was extracted from the gel and then purified, followed by sequencing on the Illumina platform. - DNA was extracted from the isolated fungal endophytes, the ITS region was PCR amplified and amplicons were sent for sanger sequencing. When sequences were determined individual isolates were identified using BLAST on the NCBI website

Дополнительные метаданные

Альтернативные идентификаторы http://ipt.sanbi.org.za/iptsanbi/resource?r=fbip111