FBIP: Survey of invertebrate and microbial diversity of the Prince Edward Islands system

Registros biológicos
Última versión publicado por South African National Biodiversity Institute el mar. 31, 2021 South African National Biodiversity Institute
Fecha de publicación:
31 de marzo de 2021
Licencia:
CC-BY 4.0

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Descripción

Environmental metagenomic data generated from sequencing amplicon of in-shore, off-shore and plant-associated soil microbial communities of the sub-Antarctic Prince Edward and Marion Islands

Registros

Los datos en este recurso de registros biológicos han sido publicados como Archivo Darwin Core(DwC-A), el cual es un formato estándar para compartir datos de biodiversidad como un conjunto de una o más tablas de datos. La tabla de datos del core contiene 14.021 registros.

Este IPT archiva los datos y, por lo tanto, sirve como repositorio de datos. Los datos y los metadatos del recurso están disponibles para su descarga en la sección descargas. La tabla versiones enumera otras versiones del recurso que se han puesto a disposición del público y permite seguir los cambios realizados en el recurso a lo largo del tiempo.

Versiones

La siguiente tabla muestra sólo las versiones publicadas del recurso que son de acceso público.

¿Cómo referenciar?

Los usuarios deben citar este trabajo de la siguiente manera:

Dorrington R (2021): FBIP: Survey of invertebrate and microbial diversity of the Prince Edward Islands system. v1.0. South African National Biodiversity Institute. Dataset/Occurrence. http://ipt.sanbi.org.za/iptsanbi/resource?r=fbip111&v=1.0

Derechos

Los usuarios deben respetar los siguientes derechos de uso:

El publicador y propietario de los derechos de este trabajo es South African National Biodiversity Institute. Esta obra está bajo una licencia Creative Commons de Atribución/Reconocimiento (CC-BY 4.0).

Registro GBIF

Este recurso ha sido registrado en GBIF con el siguiente UUID: 5c23cc27-be23-48fe-bd70-a0cef232138d.  South African National Biodiversity Institute publica este recurso y está registrado en GBIF como un publicador de datos avalado por South African Biodiversity Information Facility.

Palabras clave

Occurrence; Sagina procumbens; Azorella selago; plant rhizosphere; soil microbial communities; Penicillium; Trichoderma; Ascomycetes; Specimen; Prince Edward Islands (Marion and Prince Edward); polar ecosystems; climate change; biodiversity survey; Invertebrates; microbials; terrestrial habitats

Contactos

Rosemary Dorrington
  • Proveedor De Los Metadatos
  • Originador
  • Punto De Contacto
Professor
Rhodes University
Room 515, Biological Sciences Building, Prince Alfred Road
6140 Grahamstown
Eastern Cape
ZA
+27 46 6038442
Mahlatse Kgatla
  • Distribuidor
Data Quality Specialist
SANBI
2 Cussonia Avenue
0184 Pretoria
Gauteng
ZA
0128435196

Cobertura geográfica

Prince Edward and Marion Islands

Coordenadas límite Latitud Mínima Longitud Mínima [-47,5, 37,3], Latitud Máxima Longitud Máxima [-46,5, 38,5]

Cobertura taxonómica

microbial diversity

Reino Bacteria, Archaea, Eukaryota, Fungi

Cobertura temporal

Fecha Inicial / Fecha Final 2012-04-25 / 2016-05-28

Datos del proyecto

Environmental metagenomic data generated from sequencing amplicon of in-shore, off-shore and plant-associated soil microbial communities of the sub-Antarctic Prince Edward and Marion Islands

Título FBIP: Survey of invertebrate and microbial diversity of the Prince Edward Islands system
Identificador FBIS150518118100
Fuentes de Financiación Foundational Biodiversity Information Programme
Descripción del área de estudio Prince Edward and Marion Islands

Personas asociadas al proyecto:

Rosemary Dorrington
  • Propietario

Métodos de muestreo

- Soil/root samples were collected from various plants occuring on Marion Island, these samples were stored at -20oC and sent to the laboratory for analysis. Despite being frozen isolations were performed. - Surface seawater (taken from a depth of 5 m) and for the illumina samples (depth was approx 5m) was filtered through 100 µm mesh, followed by polyethersulfone membrane filters (0.22 µm) to collect bacteria. Filtered seawater and the filters were stored separately at -20ºC.

Área de Estudio Survey and metabarcoding of microorganism in Prince Edward and Marion Islands
Control de Calidad No

Descripción de la metodología paso a paso:

  1. Standard mycological culturing methods, used standard sequencing methods: - 16S rRNA genes using bacterial targeting and archaea targeting primers and 18S rRNA genes using universal eukaryote primers were amplified via polymerase chain reactions using genomic DNA extracted from biomass which was collected on the polyethersulfone membrane filters. Polymerase chain reaction products were sized on an agarose gel and extracted. The cleaned up extractions were then sequenced via pyrosequencing and Illumina sequencing. Sequence reads were curated using Mothur. - Extraction of genomic DNA from soil samples, followed by polymerase chain reaction (PCR) amplification of 16S rRNA and 18S rRNA gene for selected samples. PCR products were cut out from agarose gels to ensure the correct PCR product was obtain, each correct product was extracted from the gel and then purified, followed by sequencing on the Illumina platform. Raw sequence reads were curated using Mothur and classified according to the Silva v132 database. - Extraction of genomic DNA from root samples, followed by polymerase chain reaction (PCR) amplification of the ITS1 region. PCR products were cut out from agarose gels to ensure the correct PCR product was obtain, each correct product was extracted from the gel and then purified, followed by sequencing on the Illumina platform. - DNA was extracted from the isolated fungal endophytes, the ITS region was PCR amplified and amplicons were sent for sanger sequencing. When sequences were determined individual isolates were identified using BLAST on the NCBI website

Metadatos adicionales