FBIP: Survey of invertebrate and microbial diversity of the Prince Edward Islands system

Occurrence
Dernière version Publié par South African National Biodiversity Institute le mars 31, 2021 South African National Biodiversity Institute
Date de publication:
31 mars 2021
Licence:
CC-BY 4.0

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Description

Environmental metagenomic data generated from sequencing amplicon of in-shore, off-shore and plant-associated soil microbial communities of the sub-Antarctic Prince Edward and Marion Islands

Enregistrements de données

Les données de cette ressource occurrence ont été publiées sous forme d'une Archive Darwin Core (Darwin Core Archive ou DwC-A), le format standard pour partager des données de biodiversité en tant qu'ensemble d'un ou plusieurs tableurs de données. Le tableur de données du cœur de standard (core) contient 14 021 enregistrements.

Cet IPT archive les données et sert donc de dépôt de données. Les données et métadonnées de la ressource sont disponibles pour téléchargement dans la section téléchargements. Le tableau des versions liste les autres versions de chaque ressource rendues disponibles de façon publique et permet de tracer les modifications apportées à la ressource au fil du temps.

Versions

Le tableau ci-dessous n'affiche que les versions publiées de la ressource accessibles publiquement.

Comment citer

Les chercheurs doivent citer cette ressource comme suit:

Dorrington R (2021): FBIP: Survey of invertebrate and microbial diversity of the Prince Edward Islands system. v1.0. South African National Biodiversity Institute. Dataset/Occurrence. http://ipt.sanbi.org.za/iptsanbi/resource?r=fbip111&v=1.0

Droits

Les chercheurs doivent respecter la déclaration de droits suivante:

L’éditeur et détenteur des droits de cette ressource est South African National Biodiversity Institute. Ce travail est sous licence Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0.

Enregistrement GBIF

Cette ressource a été enregistrée sur le portail GBIF, et possède l'UUID GBIF suivante : 5c23cc27-be23-48fe-bd70-a0cef232138d.  South African National Biodiversity Institute publie cette ressource, et est enregistré dans le GBIF comme éditeur de données avec l'approbation du South African Biodiversity Information Facility.

Mots-clé

Occurrence; Sagina procumbens; Azorella selago; plant rhizosphere; soil microbial communities; Penicillium; Trichoderma; Ascomycetes; Specimen; Prince Edward Islands (Marion and Prince Edward); polar ecosystems; climate change; biodiversity survey; Invertebrates; microbials; terrestrial habitats

Contacts

Rosemary Dorrington
  • Fournisseur Des Métadonnées
  • Créateur
  • Personne De Contact
Professor
Rhodes University
Room 515, Biological Sciences Building, Prince Alfred Road
6140 Grahamstown
Eastern Cape
ZA
+27 46 6038442
Mahlatse Kgatla
  • Distributeur
Data Quality Specialist
SANBI
2 Cussonia Avenue
0184 Pretoria
Gauteng
ZA
0128435196

Couverture géographique

Prince Edward and Marion Islands

Enveloppe géographique Sud Ouest [-47,5, 37,3], Nord Est [-46,5, 38,5]

Couverture taxonomique

microbial diversity

Kingdom Bacteria, Archaea, Eukaryota, Fungi

Couverture temporelle

Date de début / Date de fin 2012-04-25 / 2016-05-28

Données sur le projet

Environmental metagenomic data generated from sequencing amplicon of in-shore, off-shore and plant-associated soil microbial communities of the sub-Antarctic Prince Edward and Marion Islands

Titre FBIP: Survey of invertebrate and microbial diversity of the Prince Edward Islands system
Identifiant FBIS150518118100
Financement Foundational Biodiversity Information Programme
Description du domaine d'étude / de recherche Prince Edward and Marion Islands

Les personnes impliquées dans le projet:

Rosemary Dorrington
  • Propriétaire

Méthodes d'échantillonnage

- Soil/root samples were collected from various plants occuring on Marion Island, these samples were stored at -20oC and sent to the laboratory for analysis. Despite being frozen isolations were performed. - Surface seawater (taken from a depth of 5 m) and for the illumina samples (depth was approx 5m) was filtered through 100 µm mesh, followed by polyethersulfone membrane filters (0.22 µm) to collect bacteria. Filtered seawater and the filters were stored separately at -20ºC.

Etendue de l'étude Survey and metabarcoding of microorganism in Prince Edward and Marion Islands
Contrôle qualité No

Description des étapes de la méthode:

  1. Standard mycological culturing methods, used standard sequencing methods: - 16S rRNA genes using bacterial targeting and archaea targeting primers and 18S rRNA genes using universal eukaryote primers were amplified via polymerase chain reactions using genomic DNA extracted from biomass which was collected on the polyethersulfone membrane filters. Polymerase chain reaction products were sized on an agarose gel and extracted. The cleaned up extractions were then sequenced via pyrosequencing and Illumina sequencing. Sequence reads were curated using Mothur. - Extraction of genomic DNA from soil samples, followed by polymerase chain reaction (PCR) amplification of 16S rRNA and 18S rRNA gene for selected samples. PCR products were cut out from agarose gels to ensure the correct PCR product was obtain, each correct product was extracted from the gel and then purified, followed by sequencing on the Illumina platform. Raw sequence reads were curated using Mothur and classified according to the Silva v132 database. - Extraction of genomic DNA from root samples, followed by polymerase chain reaction (PCR) amplification of the ITS1 region. PCR products were cut out from agarose gels to ensure the correct PCR product was obtain, each correct product was extracted from the gel and then purified, followed by sequencing on the Illumina platform. - DNA was extracted from the isolated fungal endophytes, the ITS region was PCR amplified and amplicons were sent for sanger sequencing. When sequences were determined individual isolates were identified using BLAST on the NCBI website

Métadonnées additionnelles