Записи данных
Данные этого occurrence ресурса были опубликованы в виде Darwin Core Archive (DwC-A), который является стандартным форматом для обмена данными о биоразнообразии в виде набора из одной или нескольких таблиц. Основная таблица данных содержит 1 197 записей.
Данный экземпляр IPT архивирует данные и таким образом служит хранилищем данных. Данные и метаданные ресурсов доступны для скачивания в разделе Загрузки. В таблице версий перечислены другие версии ресурса, которые были доступны публично, что позволяет отслеживать изменения, внесенные в ресурс с течением времени.
Загрузки
Скачайте последнюю версию данных этого ресурса в формате Darwin Core Archive (DwC-A) или метаданных ресурса в форматах EML или RTF:
Версии
В таблице ниже указаны только опубликованные версии ресурса, которые доступны для свободного скачивания.
Как оформить ссылку
Исследователи должны дать ссылку на эту работу следующим образом:
Dames J (2020): FBIP: Mycorrhizal and root endophytic fungi associated with Orchids. v1.1. South African National Biodiversity Institute. Dataset/Occurrence. http://ipt.sanbi.org.za/iptsanbi/resource?r=dames_ru_2017_v2&v=1.1
Права
Исследователи должны соблюдать следующие права:
Публикующей организацией и владельцем прав на данную работу является South African National Biodiversity Institute. This work is licensed under a Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0 License.
Регистрация в GBIF
Этот ресурс был зарегистрирован в GBIF, ему был присвоен следующий UUID: f703b08e-008e-438c-ad2d-58d544825692. South African National Biodiversity Institute отвечает за публикацию этого ресурса, и зарегистрирован в GBIF как издатель данных при оподдержке South African Biodiversity Information Facility.
Ключевые слова
Occurrence; Specimen
Контакты
Кто является создателем ресурса:
Кто может ответить на вопросы о ресурсе:
Кем заполнены метаданные:
Кто еще связан с данным ресурсом:
Географический охват
South Africa (Eastern Cape, KwaZulu-Natal)
| Ограничивающие координаты | Юг Запад [-33,334, 26,493], Север Восток [-28,234, 31,191] |
|---|
Таксономический охват
The isolates and metagenomic sequences are mycorrhizal and other root endophytic fungi that are found within orchid roots
| Phylum | Fungi |
|---|
Временной охват
| Дата начала / Дата окончания | 2017-05-01 / 2018-11-29 |
|---|
Данные проекта
Isolated cultures and environmental metagenomic sequencing data using a target DNA markers ITS region for Fungi
| Название | FBIP: Mycorrhizal and root endophytic fungi associated with Orchids |
|---|---|
| Идентификатор | FBIS170410226411 |
| Финансирование | Foundational Biodiversity Information Programme |
| Описание района исследования | South Africa (Eastern Cape, KwaZulu-Natal) |
Исполнители проекта:
Методы сбора
1 g of orchid root material was collected from each orchid species, replicated 6 times, roots were surface sterilized and were etiher stored in RNA Later and frozen for molecular analysis or they were were sliced into smaller segments and placed onto suitable media to isolate endophytic fungi.
| Охват исследования | South Africa (Eastern Cape, KwaZulu-Natal) |
|---|---|
| Контроль качества | The coordinates of the location where samples were collected was recorded |
Описание этапа методики:
- Fungal isolates: Sampled root sections were surface sterilized and plated onto Malt Extract Agar. After incubation sub-cultures were made to ensure pure cultures were maintained. DNA was extracted from the cultures and the ITS region was amplified using ITS1 and ITS 4 primers. After purification amplicons were sent for Sanger Sequencing and submitted to GenBank for identification. Root samples: Genomic DNA was extracted from root samples, followed by polymerase chain reaction (PCR) amplification of the ITS region using Miseq tagged primers. Amplicon were submitted to SAIAB for Illumina Next Generation Sequencing.Data was analysed using Mothur software.
Дополнительные метаданные
| Альтернативные идентификаторы | http://ipt.sanbi.org.za/iptsanbi/resource?r=dames_ru_2017_v2 |
|---|