Enregistrements de données
Les données de cette ressource occurrence ont été publiées sous forme d'une Archive Darwin Core (Darwin Core Archive ou DwC-A), le format standard pour partager des données de biodiversité en tant qu'ensemble d'un ou plusieurs tableurs de données. Le tableur de données du cœur de standard (core) contient 1 197 enregistrements.
Cet IPT archive les données et sert donc de dépôt de données. Les données et métadonnées de la ressource sont disponibles pour téléchargement dans la section téléchargements. Le tableau des versions liste les autres versions de chaque ressource rendues disponibles de façon publique et permet de tracer les modifications apportées à la ressource au fil du temps.
Téléchargements
Téléchargez la dernière version de la ressource en tant qu'Archive Darwin Core (DwC-A), ou les métadonnées de la ressource au format EML ou RTF :
| Données sous forme de fichier DwC-A (zip) | télécharger 1 197 enregistrements dans Anglais (61 kB) - Fréquence de mise à jour: inconnue |
|---|---|
| Métadonnées sous forme de fichier EML | télécharger dans Anglais (9 kB) |
| Métadonnées sous forme de fichier RTF | télécharger dans Anglais (8 kB) |
Versions
Le tableau ci-dessous n'affiche que les versions publiées de la ressource accessibles publiquement.
Comment citer
Les chercheurs doivent citer cette ressource comme suit:
Dames J (2020): FBIP: Mycorrhizal and root endophytic fungi associated with Orchids. v1.1. South African National Biodiversity Institute. Dataset/Occurrence. http://ipt.sanbi.org.za/iptsanbi/resource?r=dames_ru_2017_v2&v=1.1
Droits
Les chercheurs doivent respecter la déclaration de droits suivante:
L’éditeur et détenteur des droits de cette ressource est South African National Biodiversity Institute. Ce travail est sous licence Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0.
Enregistrement GBIF
Cette ressource a été enregistrée sur le portail GBIF, et possède l'UUID GBIF suivante : f703b08e-008e-438c-ad2d-58d544825692. South African National Biodiversity Institute publie cette ressource, et est enregistré dans le GBIF comme éditeur de données avec l'approbation du South African Biodiversity Information Facility.
Mots-clé
Occurrence; Specimen
Contacts
Personne ayant créé cette ressource:
Personne pouvant répondre aux questions sur la ressource:
Personne ayant renseigné les métadonnées:
Autres personnes associées à la ressource:
Couverture géographique
South Africa (Eastern Cape, KwaZulu-Natal)
| Enveloppe géographique | Sud Ouest [-33,334, 26,493], Nord Est [-28,234, 31,191] |
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Couverture taxonomique
The isolates and metagenomic sequences are mycorrhizal and other root endophytic fungi that are found within orchid roots
| Phylum | Fungi |
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Couverture temporelle
| Date de début / Date de fin | 2017-05-01 / 2018-11-29 |
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Données sur le projet
Isolated cultures and environmental metagenomic sequencing data using a target DNA markers ITS region for Fungi
| Titre | FBIP: Mycorrhizal and root endophytic fungi associated with Orchids |
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| Identifiant | FBIS170410226411 |
| Financement | Foundational Biodiversity Information Programme |
| Description du domaine d'étude / de recherche | South Africa (Eastern Cape, KwaZulu-Natal) |
Les personnes impliquées dans le projet:
Méthodes d'échantillonnage
1 g of orchid root material was collected from each orchid species, replicated 6 times, roots were surface sterilized and were etiher stored in RNA Later and frozen for molecular analysis or they were were sliced into smaller segments and placed onto suitable media to isolate endophytic fungi.
| Etendue de l'étude | South Africa (Eastern Cape, KwaZulu-Natal) |
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| Contrôle qualité | The coordinates of the location where samples were collected was recorded |
Description des étapes de la méthode:
- Fungal isolates: Sampled root sections were surface sterilized and plated onto Malt Extract Agar. After incubation sub-cultures were made to ensure pure cultures were maintained. DNA was extracted from the cultures and the ITS region was amplified using ITS1 and ITS 4 primers. After purification amplicons were sent for Sanger Sequencing and submitted to GenBank for identification. Root samples: Genomic DNA was extracted from root samples, followed by polymerase chain reaction (PCR) amplification of the ITS region using Miseq tagged primers. Amplicon were submitted to SAIAB for Illumina Next Generation Sequencing.Data was analysed using Mothur software.
Métadonnées additionnelles
| Identifiants alternatifs | http://ipt.sanbi.org.za/iptsanbi/resource?r=dames_ru_2017_v2 |
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