Registros
Los datos en este recurso de registros biológicos han sido publicados como Archivo Darwin Core(DwC-A), el cual es un formato estándar para compartir datos de biodiversidad como un conjunto de una o más tablas de datos. La tabla de datos del core contiene 1.197 registros.
Este IPT archiva los datos y, por lo tanto, sirve como repositorio de datos. Los datos y los metadatos del recurso están disponibles para su descarga en la sección descargas. La tabla versiones enumera otras versiones del recurso que se han puesto a disposición del público y permite seguir los cambios realizados en el recurso a lo largo del tiempo.
Descargas
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Versiones
La siguiente tabla muestra sólo las versiones publicadas del recurso que son de acceso público.
¿Cómo referenciar?
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Dames J (2020): FBIP: Mycorrhizal and root endophytic fungi associated with Orchids. v1.1. South African National Biodiversity Institute. Dataset/Occurrence. http://ipt.sanbi.org.za/iptsanbi/resource?r=dames_ru_2017_v2&v=1.1
Derechos
Los usuarios deben respetar los siguientes derechos de uso:
El publicador y propietario de los derechos de este trabajo es South African National Biodiversity Institute. Este trabajo está autorizado bajo una Licencia Creative Commons Atribución/Reconocimiento 4.0 Internacional (CC-BY) 4.0.
Registro GBIF
Este recurso ha sido registrado en GBIF con el siguiente UUID: f703b08e-008e-438c-ad2d-58d544825692. South African National Biodiversity Institute publica este recurso y está registrado en GBIF como un publicador de datos avalado por South African Biodiversity Information Facility.
Palabras clave
Occurrence; Specimen
Contactos
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¿Quién documentó los metadatos?:
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Cobertura geográfica
South Africa (Eastern Cape, KwaZulu-Natal)
| Coordenadas límite | Latitud Mínima Longitud Mínima [-33,334, 26,493], Latitud Máxima Longitud Máxima [-28,234, 31,191] |
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Cobertura taxonómica
The isolates and metagenomic sequences are mycorrhizal and other root endophytic fungi that are found within orchid roots
| Filo | Fungi |
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Cobertura temporal
| Fecha Inicial / Fecha Final | 2017-05-01 / 2018-11-29 |
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Datos del proyecto
Isolated cultures and environmental metagenomic sequencing data using a target DNA markers ITS region for Fungi
| Título | FBIP: Mycorrhizal and root endophytic fungi associated with Orchids |
|---|---|
| Identificador | FBIS170410226411 |
| Fuentes de Financiación | Foundational Biodiversity Information Programme |
| Descripción del área de estudio | South Africa (Eastern Cape, KwaZulu-Natal) |
Personas asociadas al proyecto:
Métodos de muestreo
1 g of orchid root material was collected from each orchid species, replicated 6 times, roots were surface sterilized and were etiher stored in RNA Later and frozen for molecular analysis or they were were sliced into smaller segments and placed onto suitable media to isolate endophytic fungi.
| Área de Estudio | South Africa (Eastern Cape, KwaZulu-Natal) |
|---|---|
| Control de Calidad | The coordinates of the location where samples were collected was recorded |
Descripción de la metodología paso a paso:
- Fungal isolates: Sampled root sections were surface sterilized and plated onto Malt Extract Agar. After incubation sub-cultures were made to ensure pure cultures were maintained. DNA was extracted from the cultures and the ITS region was amplified using ITS1 and ITS 4 primers. After purification amplicons were sent for Sanger Sequencing and submitted to GenBank for identification. Root samples: Genomic DNA was extracted from root samples, followed by polymerase chain reaction (PCR) amplification of the ITS region using Miseq tagged primers. Amplicon were submitted to SAIAB for Illumina Next Generation Sequencing.Data was analysed using Mothur software.
Metadatos adicionales
| Identificadores alternativos | http://ipt.sanbi.org.za/iptsanbi/resource?r=dames_ru_2017_v2 |
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