FBIP: Mycorrhizal and root endophytic fungi associated with Orchids

Registros biológicos
Última versión publicado por South African National Biodiversity Institute el sept. 30, 2020 South African National Biodiversity Institute
Fecha de publicación:
30 de septiembre de 2020
Licencia:
CC-BY 4.0

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Descripción

Isolated cultures and environmental metagenomic sequencing data using a target DNA markers ITS region for Fungi

Registros

Los datos en este recurso de registros biológicos han sido publicados como Archivo Darwin Core(DwC-A), el cual es un formato estándar para compartir datos de biodiversidad como un conjunto de una o más tablas de datos. La tabla de datos del core contiene 1.197 registros.

Este IPT archiva los datos y, por lo tanto, sirve como repositorio de datos. Los datos y los metadatos del recurso están disponibles para su descarga en la sección descargas. La tabla versiones enumera otras versiones del recurso que se han puesto a disposición del público y permite seguir los cambios realizados en el recurso a lo largo del tiempo.

Versiones

La siguiente tabla muestra sólo las versiones publicadas del recurso que son de acceso público.

¿Cómo referenciar?

Los usuarios deben citar este trabajo de la siguiente manera:

Dames J (2020): FBIP: Mycorrhizal and root endophytic fungi associated with Orchids. v1.1. South African National Biodiversity Institute. Dataset/Occurrence. http://ipt.sanbi.org.za/iptsanbi/resource?r=dames_ru_2017_v2&v=1.1

Derechos

Los usuarios deben respetar los siguientes derechos de uso:

El publicador y propietario de los derechos de este trabajo es South African National Biodiversity Institute. Esta obra está bajo una licencia Creative Commons de Atribución/Reconocimiento (CC-BY 4.0).

Registro GBIF

Este recurso ha sido registrado en GBIF con el siguiente UUID: f703b08e-008e-438c-ad2d-58d544825692.  South African National Biodiversity Institute publica este recurso y está registrado en GBIF como un publicador de datos avalado por South African Biodiversity Information Facility.

Palabras clave

Occurrence; Specimen

Contactos

Joanna Dames
  • Proveedor De Los Metadatos ●
  • Originador ●
  • Punto De Contacto
Associate Professor
Rhodes University
Mycorrhizal Research Laboratory, Lab 215; Biological Sciences Building; Department of Biochemistry and Microbiology; Cnr of University Rd & Artillery Rd
6140 Grahamstown
Eastern Cape
ZA
+27466038443
Mahlatse Kgatla
  • Distribuidor
FBIP Data Specialist
SANBI
2 Cussonia Avenue, Brummeria
0184 Pretoria
Gauteng
ZA
0128435196
http://fbip.co.za/contact/

Cobertura geográfica

South Africa (Eastern Cape, KwaZulu-Natal)

Coordenadas límite Latitud Mínima Longitud Mínima [-33,334, 26,493], Latitud Máxima Longitud Máxima [-28,234, 31,191]

Cobertura taxonómica

The isolates and metagenomic sequences are mycorrhizal and other root endophytic fungi that are found within orchid roots

Filo Fungi

Cobertura temporal

Fecha Inicial / Fecha Final 2017-05-01 / 2018-11-29

Datos del proyecto

Isolated cultures and environmental metagenomic sequencing data using a target DNA markers ITS region for Fungi

Título FBIP: Mycorrhizal and root endophytic fungi associated with Orchids
Identificador FBIS170410226411
Fuentes de Financiación Foundational Biodiversity Information Programme
Descripción del área de estudio South Africa (Eastern Cape, KwaZulu-Natal)

Personas asociadas al proyecto:

Joanna Dames
  • Investigador Principal

Métodos de muestreo

1 g of orchid root material was collected from each orchid species, replicated 6 times, roots were surface sterilized and were etiher stored in RNA Later and frozen for molecular analysis or they were were sliced into smaller segments and placed onto suitable media to isolate endophytic fungi.

Área de Estudio South Africa (Eastern Cape, KwaZulu-Natal)
Control de Calidad The coordinates of the location where samples were collected was recorded

Descripción de la metodología paso a paso:

  1. Fungal isolates: Sampled root sections were surface sterilized and plated onto Malt Extract Agar. After incubation sub-cultures were made to ensure pure cultures were maintained. DNA was extracted from the cultures and the ITS region was amplified using ITS1 and ITS 4 primers. After purification amplicons were sent for Sanger Sequencing and submitted to GenBank for identification. Root samples: Genomic DNA was extracted from root samples, followed by polymerase chain reaction (PCR) amplification of the ITS region using Miseq tagged primers. Amplicon were submitted to SAIAB for Illumina Next Generation Sequencing.Data was analysed using Mothur software.

Metadatos adicionales