説明
Isolated cultures and environmental metagenomic sequencing data using a target DNA markers ITS region for Fungi
データ レコード
この オカレンス（観察データと標本) リソース内のデータは、1 つまたは複数のデータ テーブルとして生物多様性データを共有するための標準化された形式であるダーウィン コア アーカイブ (DwC-A) として公開されています。 コア データ テーブルには、1,197 レコードが含まれています。
この IPT はデータをアーカイブし、データ リポジトリとして機能します。データとリソースのメタデータは、 ダウンロード セクションからダウンロードできます。 バージョン テーブルから公開可能な他のバージョンを閲覧でき、リソースに加えられた変更を知ることができます。
バージョン
次の表は、公にアクセス可能な公開バージョンのリソースのみ表示しています。
引用方法
研究者はこの研究内容を以下のように引用する必要があります。:
Dames J (2020): FBIP: Mycorrhizal and root endophytic fungi associated with Orchids. v1.1. South African National Biodiversity Institute. Dataset/Occurrence. http://ipt.sanbi.org.za/iptsanbi/resource?r=dames_ru_2017_v2&v=1.1
権利
研究者は権利に関する下記ステートメントを尊重する必要があります。:
パブリッシャーとライセンス保持者権利者は South African National Biodiversity Institute。 This work is licensed under a Creative Commons Attribution (CC-BY 4.0) License.
GBIF登録
このリソースをはGBIF と登録されており GBIF UUID: f703b08e-008e-438c-ad2d-58d544825692が割り当てられています。 South African Biodiversity Information Facility によって承認されたデータ パブリッシャーとして GBIF に登録されているSouth African National Biodiversity Institute が、このリソースをパブリッシュしました。
キーワード
Occurrence; Specimen
連絡先
- メタデータ提供者 ●
- 最初のデータ採集者 ●
- 連絡先
- データ配布者
地理的範囲
South Africa (Eastern Cape, KwaZulu-Natal)
| 座標（緯度経度） | 南 西 [-33.334, 26.493], 北 東 [-28.234, 31.191] |
|---|
生物分類学的範囲
The isolates and metagenomic sequences are mycorrhizal and other root endophytic fungi that are found within orchid roots
| Phylum | Fungi |
|---|
時間的範囲
| 開始日 / 終了日 | 2017-05-01 / 2018-11-29 |
|---|
プロジェクトデータ
Isolated cultures and environmental metagenomic sequencing data using a target DNA markers ITS region for Fungi
| タイトル | FBIP: Mycorrhizal and root endophytic fungi associated with Orchids |
|---|---|
| 識別子 | FBIS170410226411 |
| ファンデイング | Foundational Biodiversity Information Programme |
| Study Area Description | South Africa (Eastern Cape, KwaZulu-Natal) |
プロジェクトに携わる要員:
- 研究代表者
収集方法
1 g of orchid root material was collected from each orchid species, replicated 6 times, roots were surface sterilized and were etiher stored in RNA Later and frozen for molecular analysis or they were were sliced into smaller segments and placed onto suitable media to isolate endophytic fungi.
| Study Extent | South Africa (Eastern Cape, KwaZulu-Natal) |
|---|---|
| Quality Control | The coordinates of the location where samples were collected was recorded |
Method step description:
- Fungal isolates: Sampled root sections were surface sterilized and plated onto Malt Extract Agar. After incubation sub-cultures were made to ensure pure cultures were maintained. DNA was extracted from the cultures and the ITS region was amplified using ITS1 and ITS 4 primers. After purification amplicons were sent for Sanger Sequencing and submitted to GenBank for identification. Root samples: Genomic DNA was extracted from root samples, followed by polymerase chain reaction (PCR) amplification of the ITS region using Miseq tagged primers. Amplicon were submitted to SAIAB for Illumina Next Generation Sequencing.Data was analysed using Mothur software.