Registros biológicos

FBIP: Taxonomy and Candidatus Liberibacter status of South African Buchu plants

Última versión Publicado por South African National Biodiversity Institute en 30 de junio de 2020 South African National Biodiversity Institute
Survey of Rutaceae species of the fynbos area. Additional data, will help provide abundance lists, distribution and locality of these plants, while the molecular means to identify the species.
Fecha de publicación:
30 de junio de 2020
Licencia:
CC-BY 4.0

Registros

Los datos en este recurso de registros biológicos han sido publicados como Archivo Darwin Core(DwC-A), el cual es un formato estándar para compartir datos de biodiversidad como un conjunto de una o más tablas de datos. La tabla de datos del core contiene 834 registros.

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Versiones

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¿Cómo referenciar?

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Pietersen G (2020): FBIP: Taxonomy and Candidatus Liberibacter status of South African Buchu plants. v1.1. South African National Biodiversity Institute. Dataset/Occurrence. http://ipt.sanbi.org.za/iptsanbi/resource?r=taxonomy&v=1.1

Derechos

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El publicador y propietario de los derechos de este trabajo es South African National Biodiversity Institute. Este trabajo está autorizado bajo una Licencia Creative Commons Atribución/Reconocimiento 4.0 Internacional (CC-BY) 4.0.

Registro GBIF

Este recurso ha sido registrado en GBIF con el siguiente UUID: 065c4d4a-eead-44a4-ac94-19df2a0a47ad.  South African National Biodiversity Institute publica este recurso y está registrado en GBIF como un publicador de datos avalado por South African Biodiversity Information Facility.

Palabras clave

Occurrence; Specimen

Contactos

¿Quién creó el recurso?:

Gerhard Pietersen
Extra-ordinary Professor
Agricultural Research Council - Plant Protection Research Institute
Room 9-21, New Agricultural Building, Lunnon Street, University of Pretoria
0002 Pretoria
Gauteng
ZA
012 4203265

¿Quién puede resolver dudas acerca del recurso?:

Gerhard Pietersen
Extra-ordinary Professor
Agricultural Research Council - Plant Protection Research Institute
Room 9-21, New Agricultural Building, Lunnon Street, University of Pretoria
0002 Pretoria
Gauteng
ZA
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Gerhard Pietersen
Extra-ordinary Professor
Agricultural Research Council - Plant Protection Research Institute
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ZA
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¿Quién más está asociado con el recurso?:

Proveedor de Contenido
Mahlatse Kgatla
FBIP Data Specialist
SANBI
2 Cussonia Avenue
0184 Pretoria
Gauteng
ZA
0128435196
https://fbip.co.za/contact/

Cobertura geográfica

South Africa (Western Cape, Kwa-Zulu Natal)

Coordenadas límite Latitud Mínima Longitud Mínima [-34,778, 17,71], Latitud Máxima Longitud Máxima [-26,746, 33,223]

Cobertura taxonómica

Family: Rutaceae

Familia  Rutaceae (Buchus Plants)

Cobertura temporal

Fecha Inicial / Fecha Final 2014-10-16 / 2018-01-12

Datos del proyecto

Survey of Rutaceae species of the fynbos area. Additional data, will help provide abundance lists, distribution and locality of these plants, while the molecular means to identify the species.

Título Taxonomy and Candidatus Liberibacter status of South African Buchu plants
Identificador FBIS150609119002
Fuentes de Financiación Foundational Biodiversity Information Programme
Descripción del área de estudio South Africa (Western Cape, Kwa-Zulu Natal)

Personas asociadas al proyecto:

Investigador Principal
Gerhard Pietersen

Métodos de muestreo

Leaves were collected

Área de Estudio South Africa (Western Cape, Kwa-Zulu Natal)

Descripción de la metodología paso a paso:

  1. 1) We plan to collect and sequence barcoding genes of known, morphologically identified specimens of buchu collected under permit at Kirstenbosch botanical gardens or from herbarium specimens where permission is granted to do so. Collection from live plants will not be destructive as only about 5g fresh weight of leaf material is required in order to obtain phloem tissue (to which the Ca. Liberibacters are confined). 2) We will collect leaf material from large numbers of buchu specimens (we plan to collect a total of about 1000 specimens in total, with between 10 and 20 replicates of visually identified species of “buchu” (in the broadest sense) from randomly selected transects from three Western Cape nature reserves containing the greatest diversity of buchu, and where permits for the study can be obtained. This will be done in the flowering season of two successive years. All samples obtained will be assigned a unique accession number and the following data will be recorded for each specimen: date of collection, collector details, photographs of the plant and any distinguishing feature(s), plant visual identification, locality data, the exact location (to an accuracy of 0.25m determined by a differential GPS) and the habitat description. 3) Collected material will be archived in the South African Plant Virus culture collection (SAPVC) at ARC-PPRI, as desiccated plant material as well as in -80oC freezer storage, and voucher specimens for identification purposes submitted to the Compton Herbarium (NBG) and National Herbarium (PRE). 5) All samples will be tested for Ca. Liberibacter using a generic Ca. Liberibacter PCR developed in our laboratory (Pietersen, unpublished), based on all known Ca. Liberibacter sequences. 6) All Liberibacter infected samples (as determined by real-time PCR) will be tested with primers to specific Liberibacters (Ca. Liberibacter -americanus, -africanus, - asiaticus, -solanacearum and -africanus subspecies –capensis, -verpidis, -clausenae, -zanthoxyli, and –tecleae) in conventional PCR’s or a newly developed multiplex PCR capable of detecting these (Roberts unpublished results). 7) All plant samples, irrespective of Ca. Liberibacter status, will be subjected to barcoding PCR’s (rbcL, matK, trnH/psb) and the amplicons sequenced by Sanger sequencing.

Metadatos adicionales