FBIP: Diversities of microbiomes from South African arid and natural soils

Данные в формате DwC-A	Скачать 3 984 Записи в English (116 KB) - Частота обновления: неизвестно
Метаданные в формате EML	Скачать в English (10 KB)
Метаданные в формате RTF	Скачать в English (9 KB)

Записи данных

Данные этого occurrence ресурса были опубликованы в виде Darwin Core Archive (DwC-A), который является стандартным форматом для обмена данными о биоразнообразии в виде набора из одной или нескольких таблиц. Основная таблица данных содержит 3 984 записей.

Данный экземпляр IPT архивирует данные и таким образом служит хранилищем данных. Данные и метаданные ресурсов доступны для скачивания в разделе Загрузки. В таблице версий перечислены другие версии ресурса, которые были доступны публично, что позволяет отслеживать изменения, внесенные в ресурс с течением времени.

Версии

В таблице ниже указаны только опубликованные версии ресурса, которые доступны для свободного скачивания.

Как оформить ссылку

Исследователи должны дать ссылку на эту работу следующим образом:

Ramond J (2020): FBIP: Diversities of microbiomes from South African arid and natural soils. v1.0. South African National Biodiversity Institute. Dataset/Occurrence. http://ipt.sanbi.org.za/iptsanbi/resource?r=fbip11&v=1.0

Права

Исследователи должны соблюдать следующие права:

Публикующей организацией и владельцем прав на данную работу является South African National Biodiversity Institute. Эта работа находится под лицензией Creative Commons Attribution (CC-BY 4.0).

Регистрация в GBIF

Этот ресурс был зарегистрирован в GBIF, ему был присвоен следующий UUID: b9aab537-db65-4b7c-ab35-0a4877703dde. South African National Biodiversity Institute отвечает за публикацию этого ресурса, и зарегистрирован в GBIF как издатель данных при оподдержке South African Biodiversity Information Facility.

Ключевые слова

Occurrence; Specimen

Контакты

Jean-Baptiste Ramond

Metadata Provider ●
Originator ●
Point Of Contact

Research Fellow

University of Pretoria

Centre for Microbial Ecology and Genomics (CMEG), Natural Science Building 2 Office 3-20, Hatfied Campus, Lynwood Road

0083 Pretoria

Gauteng

ZA

jean-baptiste.ramond@up.ac.za

0124206980

Mahlatse Kgatla

Processor

FBIP Data Specialist

SANBI

2 Cussonia Avenue, Brummeria

0184 Pretoria

Gauteng

ZA

m.kgatla@sanbi.org.za

0128435196

http://fbip.co.za/contact/

Географический охват

South Africa (Northern Cape and Limpopo Province)

Ограничивающие координаты	Юг Запад [-30,168, 16,908], Север Восток [-24,495, 27,499]

Таксономический охват

Diversities of microbiomes

Kingdom	Fungi, Bacteria

Временной охват

Дата начала / Дата окончания	2017-02-28 / 2017-03-31

Данные проекта

To decipher edaphic microbial communities' diversities in South African natural terrestrial environments located in different aridity zones using phylogenetic/barcoding and shot-gun metagenomes

Название	FBIP: Diversities of microbiomes from South African arid and natural soils
Идентификатор	FBIS160422162807
Финансирование	Foundational Biodiversity Information Programme
Описание района исследования	South Africa (Northern Cape and Limpopo Province)

Исполнители проекта:

Jean-Baptiste Ramond

Principal Investigator

Методы сбора

Three different soil biotopes will be sampled from each of the 4 National Parks (Namaqualand, Richtersveld, Kgalagadi and Marakele NPs). 4 true replicates (~300g each) from each biotope will be collected at the vertices of a 50m perpendicular cross. Each true replicate sample will correspond to a mixture of 5 pseudo-replicates taken within a 1m2 quadrat. A total of 48 (4x4x3) individual soil samples are thus expected.

Охват исследования	South Africa (Northern Cape and Limpopo Province)
Контроль качества	Quality filtering and OTU clustering were done simultaneously using USEARCH 61 (Edgar 2010). During quality filtering the short sequences, chimeras and duplicate sequences were removed. Chimeras were filtered out by de novo and reference based methods using UCHIME (Ashelford et al, 2005; Edgar et al, 2011). High quality paired-end forward reads (sequenced DNA molecule in the 5’-3’ direction) were then used to determine the sequencing depth of each metagenome in read alignment mode using Nonpareil v2.4. This program estimates the average sequence coverage by read redundancy (Rodriguez and Konstantinidis, 2014).

Охват исследования

South Africa (Northern Cape and Limpopo Province)

Контроль качества

Quality filtering and OTU clustering were done simultaneously using USEARCH 61 (Edgar 2010). During quality filtering the short sequences, chimeras and duplicate sequences were removed. Chimeras were filtered out by de novo and reference based methods using UCHIME (Ashelford et al, 2005; Edgar et al, 2011). High quality paired-end forward reads (sequenced DNA molecule in the 5’-3’ direction) were then used to determine the sequencing depth of each metagenome in read alignment mode using Nonpareil v2.4. This program estimates the average sequence coverage by read redundancy (Rodriguez and Konstantinidis, 2014).

Описание этапа методики:

Arid edaphic community barcoding: Soil metagenomic DNA extractions will be performed using commercial kits and send for 16S rRNA gene (Bacteria/Archaea) and ITS region (Fungi) Illumina MiSeq barcoding to a commercial company Shotgun metagenome sequencing: This approach involves the DNA sequencing of the whole microbial communities followed by intense computational analyses leading, notably, to the phylogenetic assignments of metabolic pathways and genes [7]. The Illumina HiSeq platform of a commercial company will be used and paired-end sequencing performed

Дополнительные метаданные

Альтернативные идентификаторы	http://ipt.sanbi.org.za/iptsanbi/resource?r=fbip11