Записи данных
Данные этого occurrence ресурса были опубликованы в виде Darwin Core Archive (DwC-A), который является стандартным форматом для обмена данными о биоразнообразии в виде набора из одной или нескольких таблиц. Основная таблица данных содержит 3 984 записей.
Данный экземпляр IPT архивирует данные и таким образом служит хранилищем данных. Данные и метаданные ресурсов доступны для скачивания в разделе Загрузки. В таблице версий перечислены другие версии ресурса, которые были доступны публично, что позволяет отслеживать изменения, внесенные в ресурс с течением времени.
Загрузки
Скачайте последнюю версию данных этого ресурса в формате Darwin Core Archive (DwC-A) или метаданных ресурса в форматах EML или RTF:
Версии
В таблице ниже указаны только опубликованные версии ресурса, которые доступны для свободного скачивания.
Как оформить ссылку
Исследователи должны дать ссылку на эту работу следующим образом:
Ramond J (2020): FBIP: Diversities of microbiomes from South African arid and natural soils. v1.0. South African National Biodiversity Institute. Dataset/Occurrence. http://ipt.sanbi.org.za/iptsanbi/resource?r=fbip11&v=1.0
Права
Исследователи должны соблюдать следующие права:
Публикующей организацией и владельцем прав на данную работу является South African National Biodiversity Institute. This work is licensed under a Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0 License.
Регистрация в GBIF
Этот ресурс был зарегистрирован в GBIF, ему был присвоен следующий UUID: b9aab537-db65-4b7c-ab35-0a4877703dde. South African National Biodiversity Institute отвечает за публикацию этого ресурса, и зарегистрирован в GBIF как издатель данных при оподдержке South African Biodiversity Information Facility.
Ключевые слова
Occurrence; Specimen
Контакты
Кто является создателем ресурса:
Кто может ответить на вопросы о ресурсе:
Кем заполнены метаданные:
Кто еще связан с данным ресурсом:
Географический охват
South Africa (Northern Cape and Limpopo Province)
| Ограничивающие координаты | Юг Запад [-30,168, 16,908], Север Восток [-24,495, 27,499] |
|---|
Таксономический охват
Diversities of microbiomes
| Kingdom | Fungi, Bacteria |
|---|
Временной охват
| Дата начала / Дата окончания | 2017-02-28 / 2017-03-31 |
|---|
Данные проекта
To decipher edaphic microbial communities' diversities in South African natural terrestrial environments located in different aridity zones using phylogenetic/barcoding and shot-gun metagenomes
| Название | FBIP: Diversities of microbiomes from South African arid and natural soils |
|---|---|
| Идентификатор | FBIS160422162807 |
| Финансирование | Foundational Biodiversity Information Programme |
| Описание района исследования | South Africa (Northern Cape and Limpopo Province) |
Исполнители проекта:
Методы сбора
Three different soil biotopes will be sampled from each of the 4 National Parks (Namaqualand, Richtersveld, Kgalagadi and Marakele NPs). 4 true replicates (~300g each) from each biotope will be collected at the vertices of a 50m perpendicular cross. Each true replicate sample will correspond to a mixture of 5 pseudo-replicates taken within a 1m2 quadrat. A total of 48 (4x4x3) individual soil samples are thus expected.
| Охват исследования | South Africa (Northern Cape and Limpopo Province) |
|---|---|
| Контроль качества | Quality filtering and OTU clustering were done simultaneously using USEARCH 61 (Edgar 2010). During quality filtering the short sequences, chimeras and duplicate sequences were removed. Chimeras were filtered out by de novo and reference based methods using UCHIME (Ashelford et al, 2005; Edgar et al, 2011). High quality paired-end forward reads (sequenced DNA molecule in the 5’-3’ direction) were then used to determine the sequencing depth of each metagenome in read alignment mode using Nonpareil v2.4. This program estimates the average sequence coverage by read redundancy (Rodriguez and Konstantinidis, 2014). |
Описание этапа методики:
- Arid edaphic community barcoding: Soil metagenomic DNA extractions will be performed using commercial kits and send for 16S rRNA gene (Bacteria/Archaea) and ITS region (Fungi) Illumina MiSeq barcoding to a commercial company Shotgun metagenome sequencing: This approach involves the DNA sequencing of the whole microbial communities followed by intense computational analyses leading, notably, to the phylogenetic assignments of metabolic pathways and genes [7]. The Illumina HiSeq platform of a commercial company will be used and paired-end sequencing performed
Дополнительные метаданные
| Альтернативные идентификаторы | http://ipt.sanbi.org.za/iptsanbi/resource?r=fbip11 |
|---|