説明
To decipher edaphic microbial communities' diversities in South African natural terrestrial environments located in different aridity zones using phylogenetic/barcoding and shot-gun metagenomes
データ レコード
この オカレンス（観察データと標本) リソース内のデータは、1 つまたは複数のデータ テーブルとして生物多様性データを共有するための標準化された形式であるダーウィン コア アーカイブ (DwC-A) として公開されています。 コア データ テーブルには、3,984 レコードが含まれています。
この IPT はデータをアーカイブし、データ リポジトリとして機能します。データとリソースのメタデータは、 ダウンロード セクションからダウンロードできます。 バージョン テーブルから公開可能な他のバージョンを閲覧でき、リソースに加えられた変更を知ることができます。
バージョン
次の表は、公にアクセス可能な公開バージョンのリソースのみ表示しています。
引用方法
研究者はこの研究内容を以下のように引用する必要があります。:
Ramond J (2020): FBIP: Diversities of microbiomes from South African arid and natural soils. v1.0. South African National Biodiversity Institute. Dataset/Occurrence. http://ipt.sanbi.org.za/iptsanbi/resource?r=fbip11&v=1.0
権利
研究者は権利に関する下記ステートメントを尊重する必要があります。:
パブリッシャーとライセンス保持者権利者は South African National Biodiversity Institute。 This work is licensed under a Creative Commons Attribution (CC-BY 4.0) License.
GBIF登録
このリソースをはGBIF と登録されており GBIF UUID: b9aab537-db65-4b7c-ab35-0a4877703ddeが割り当てられています。 South African Biodiversity Information Facility によって承認されたデータ パブリッシャーとして GBIF に登録されているSouth African National Biodiversity Institute が、このリソースをパブリッシュしました。
キーワード
Occurrence; Specimen
連絡先
- メタデータ提供者 ●
- 最初のデータ採集者 ●
- 連絡先
- データ処理者
地理的範囲
South Africa (Northern Cape and Limpopo Province)
| 座標（緯度経度） | 南 西 [-30.168, 16.908], 北 東 [-24.495, 27.499] |
|---|
生物分類学的範囲
Diversities of microbiomes
| Kingdom | Fungi, Bacteria |
|---|
時間的範囲
| 開始日 / 終了日 | 2017-02-28 / 2017-03-31 |
|---|
プロジェクトデータ
To decipher edaphic microbial communities' diversities in South African natural terrestrial environments located in different aridity zones using phylogenetic/barcoding and shot-gun metagenomes
| タイトル | FBIP: Diversities of microbiomes from South African arid and natural soils |
|---|---|
| 識別子 | FBIS160422162807 |
| ファンデイング | Foundational Biodiversity Information Programme |
| Study Area Description | South Africa (Northern Cape and Limpopo Province) |
プロジェクトに携わる要員:
- 研究代表者
収集方法
Three different soil biotopes will be sampled from each of the 4 National Parks (Namaqualand, Richtersveld, Kgalagadi and Marakele NPs). 4 true replicates (~300g each) from each biotope will be collected at the vertices of a 50m perpendicular cross. Each true replicate sample will correspond to a mixture of 5 pseudo-replicates taken within a 1m2 quadrat. A total of 48 (4x4x3) individual soil samples are thus expected.
| Study Extent | South Africa (Northern Cape and Limpopo Province) |
|---|---|
| Quality Control | Quality filtering and OTU clustering were done simultaneously using USEARCH 61 (Edgar 2010). During quality filtering the short sequences, chimeras and duplicate sequences were removed. Chimeras were filtered out by de novo and reference based methods using UCHIME (Ashelford et al, 2005; Edgar et al, 2011). High quality paired-end forward reads (sequenced DNA molecule in the 5’-3’ direction) were then used to determine the sequencing depth of each metagenome in read alignment mode using Nonpareil v2.4. This program estimates the average sequence coverage by read redundancy (Rodriguez and Konstantinidis, 2014). |
Method step description:
- Arid edaphic community barcoding: Soil metagenomic DNA extractions will be performed using commercial kits and send for 16S rRNA gene (Bacteria/Archaea) and ITS region (Fungi) Illumina MiSeq barcoding to a commercial company Shotgun metagenome sequencing: This approach involves the DNA sequencing of the whole microbial communities followed by intense computational analyses leading, notably, to the phylogenetic assignments of metabolic pathways and genes [7]. The Illumina HiSeq platform of a commercial company will be used and paired-end sequencing performed