FBIP: Diversities of microbiomes from South African arid and natural soils

Occurrence
Dernière version Publié par South African National Biodiversity Institute le déc. 10, 2020 South African National Biodiversity Institute
Date de publication:
10 décembre 2020
Licence:
CC-BY 4.0

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Description

To decipher edaphic microbial communities' diversities in South African natural terrestrial environments located in different aridity zones using phylogenetic/barcoding and shot-gun metagenomes

Enregistrements de données

Les données de cette ressource occurrence ont été publiées sous forme d'une Archive Darwin Core (Darwin Core Archive ou DwC-A), le format standard pour partager des données de biodiversité en tant qu'ensemble d'un ou plusieurs tableurs de données. Le tableur de données du cœur de standard (core) contient 3 984 enregistrements.

Cet IPT archive les données et sert donc de dépôt de données. Les données et métadonnées de la ressource sont disponibles pour téléchargement dans la section téléchargements. Le tableau des versions liste les autres versions de chaque ressource rendues disponibles de façon publique et permet de tracer les modifications apportées à la ressource au fil du temps.

Versions

Le tableau ci-dessous n'affiche que les versions publiées de la ressource accessibles publiquement.

Comment citer

Les chercheurs doivent citer cette ressource comme suit:

Ramond J (2020): FBIP: Diversities of microbiomes from South African arid and natural soils. v1.0. South African National Biodiversity Institute. Dataset/Occurrence. http://ipt.sanbi.org.za/iptsanbi/resource?r=fbip11&v=1.0

Droits

Les chercheurs doivent respecter la déclaration de droits suivante:

L’éditeur et détenteur des droits de cette ressource est South African National Biodiversity Institute. Ce travail est sous licence Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0.

Enregistrement GBIF

Cette ressource a été enregistrée sur le portail GBIF, et possède l'UUID GBIF suivante : b9aab537-db65-4b7c-ab35-0a4877703dde.  South African National Biodiversity Institute publie cette ressource, et est enregistré dans le GBIF comme éditeur de données avec l'approbation du South African Biodiversity Information Facility.

Mots-clé

Occurrence; Specimen

Contacts

Jean-Baptiste Ramond
  • Fournisseur Des Métadonnées ●
  • Créateur ●
  • Personne De Contact
Research Fellow
University of Pretoria
Centre for Microbial Ecology and Genomics (CMEG), Natural Science Building 2 Office 3-20, Hatfied Campus, Lynwood Road
0083 Pretoria
Gauteng
ZA
0124206980
Mahlatse Kgatla
  • Processeur
FBIP Data Specialist
SANBI
2 Cussonia Avenue, Brummeria
0184 Pretoria
Gauteng
ZA
0128435196
http://fbip.co.za/contact/

Couverture géographique

South Africa (Northern Cape and Limpopo Province)

Enveloppe géographique Sud Ouest [-30,168, 16,908], Nord Est [-24,495, 27,499]

Couverture taxonomique

Diversities of microbiomes

Kingdom Fungi, Bacteria

Couverture temporelle

Date de début / Date de fin 2017-02-28 / 2017-03-31

Données sur le projet

To decipher edaphic microbial communities' diversities in South African natural terrestrial environments located in different aridity zones using phylogenetic/barcoding and shot-gun metagenomes

Titre FBIP: Diversities of microbiomes from South African arid and natural soils
Identifiant FBIS160422162807
Financement Foundational Biodiversity Information Programme
Description du domaine d'étude / de recherche South Africa (Northern Cape and Limpopo Province)

Les personnes impliquées dans le projet:

Jean-Baptiste Ramond
  • Chercheur Principal

Méthodes d'échantillonnage

Three different soil biotopes will be sampled from each of the 4 National Parks (Namaqualand, Richtersveld, Kgalagadi and Marakele NPs). 4 true replicates (~300g each) from each biotope will be collected at the vertices of a 50m perpendicular cross. Each true replicate sample will correspond to a mixture of 5 pseudo-replicates taken within a 1m2 quadrat. A total of 48 (4x4x3) individual soil samples are thus expected.

Etendue de l'étude South Africa (Northern Cape and Limpopo Province)
Contrôle qualité Quality filtering and OTU clustering were done simultaneously using USEARCH 61 (Edgar 2010). During quality filtering the short sequences, chimeras and duplicate sequences were removed. Chimeras were filtered out by de novo and reference based methods using UCHIME (Ashelford et al, 2005; Edgar et al, 2011). High quality paired-end forward reads (sequenced DNA molecule in the 5’-3’ direction) were then used to determine the sequencing depth of each metagenome in read alignment mode using Nonpareil v2.4. This program estimates the average sequence coverage by read redundancy (Rodriguez and Konstantinidis, 2014).

Description des étapes de la méthode:

  1. Arid edaphic community barcoding: Soil metagenomic DNA extractions will be performed using commercial kits and send for 16S rRNA gene (Bacteria/Archaea) and ITS region (Fungi) Illumina MiSeq barcoding to a commercial company Shotgun metagenome sequencing: This approach involves the DNA sequencing of the whole microbial communities followed by intense computational analyses leading, notably, to the phylogenetic assignments of metabolic pathways and genes [7]. The Illumina HiSeq platform of a commercial company will be used and paired-end sequencing performed

Métadonnées additionnelles