Registros de Dados
Os dados deste recurso de ocorrência foram publicados como um Darwin Core Archive (DwC-A), que é o formato padronizado para compartilhamento de dados de biodiversidade como um conjunto de uma ou mais tabelas de dados. A tabela de dados do núcleo contém 3.984 registros.
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Versões
A tabela abaixo mostra apenas versões de recursos que são publicamente acessíveis.
Como citar
Pesquisadores deveriam citar esta obra da seguinte maneira:
Ramond J (2020): FBIP: Diversities of microbiomes from South African arid and natural soils. v1.0. South African National Biodiversity Institute. Dataset/Occurrence. http://ipt.sanbi.org.za/iptsanbi/resource?r=fbip11&v=1.0
Direitos
Pesquisadores devem respeitar a seguinte declaração de direitos:
O editor e o detentor dos direitos deste trabalho é South African National Biodiversity Institute. This work is licensed under a Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0 License.
GBIF Registration
Este recurso foi registrado no GBIF e atribuído ao seguinte GBIF UUID: b9aab537-db65-4b7c-ab35-0a4877703dde. South African National Biodiversity Institute publica este recurso, e está registrado no GBIF como um publicador de dados aprovado por South African Biodiversity Information Facility.
Palavras-chave
Occurrence; Specimen
Contatos
Quem criou esse recurso:
Quem pode responder a perguntas sobre o recurso:
Quem preencher os metadados:
Quem mais foi associado com o recurso:
Cobertura Geográfica
South Africa (Northern Cape and Limpopo Province)
| Coordenadas delimitadoras | Sul Oeste [-30,168, 16,908], Norte Leste [-24,495, 27,499] |
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Cobertura Taxonômica
Diversities of microbiomes
| Reino | Fungi, Bacteria |
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Cobertura Temporal
| Data Inicial / Data final | 2017-02-28 / 2017-03-31 |
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Dados Sobre o Projeto
To decipher edaphic microbial communities' diversities in South African natural terrestrial environments located in different aridity zones using phylogenetic/barcoding and shot-gun metagenomes
| Título | FBIP: Diversities of microbiomes from South African arid and natural soils |
|---|---|
| Identificador | FBIS160422162807 |
| Financiamento | Foundational Biodiversity Information Programme |
| Descrição da Área de Estudo | South Africa (Northern Cape and Limpopo Province) |
O pessoal envolvido no projeto:
Métodos de Amostragem
Three different soil biotopes will be sampled from each of the 4 National Parks (Namaqualand, Richtersveld, Kgalagadi and Marakele NPs). 4 true replicates (~300g each) from each biotope will be collected at the vertices of a 50m perpendicular cross. Each true replicate sample will correspond to a mixture of 5 pseudo-replicates taken within a 1m2 quadrat. A total of 48 (4x4x3) individual soil samples are thus expected.
| Área de Estudo | South Africa (Northern Cape and Limpopo Province) |
|---|---|
| Controle de Qualidade | Quality filtering and OTU clustering were done simultaneously using USEARCH 61 (Edgar 2010). During quality filtering the short sequences, chimeras and duplicate sequences were removed. Chimeras were filtered out by de novo and reference based methods using UCHIME (Ashelford et al, 2005; Edgar et al, 2011). High quality paired-end forward reads (sequenced DNA molecule in the 5’-3’ direction) were then used to determine the sequencing depth of each metagenome in read alignment mode using Nonpareil v2.4. This program estimates the average sequence coverage by read redundancy (Rodriguez and Konstantinidis, 2014). |
Descrição dos passos do método:
- Arid edaphic community barcoding: Soil metagenomic DNA extractions will be performed using commercial kits and send for 16S rRNA gene (Bacteria/Archaea) and ITS region (Fungi) Illumina MiSeq barcoding to a commercial company Shotgun metagenome sequencing: This approach involves the DNA sequencing of the whole microbial communities followed by intense computational analyses leading, notably, to the phylogenetic assignments of metabolic pathways and genes [7]. The Illumina HiSeq platform of a commercial company will be used and paired-end sequencing performed
Metadados Adicionais
| Identificadores alternativos | http://ipt.sanbi.org.za/iptsanbi/resource?r=fbip11 |
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