FBIP: Diversities of microbiomes from South African arid and natural soils

Registros biológicos
Última versión publicado por South African National Biodiversity Institute el dic. 10, 2020 South African National Biodiversity Institute
Fecha de publicación:
10 de diciembre de 2020
Licencia:
CC-BY 4.0

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Descripción

To decipher edaphic microbial communities' diversities in South African natural terrestrial environments located in different aridity zones using phylogenetic/barcoding and shot-gun metagenomes

Registros

Los datos en este recurso de registros biológicos han sido publicados como Archivo Darwin Core(DwC-A), el cual es un formato estándar para compartir datos de biodiversidad como un conjunto de una o más tablas de datos. La tabla de datos del core contiene 3.984 registros.

Este IPT archiva los datos y, por lo tanto, sirve como repositorio de datos. Los datos y los metadatos del recurso están disponibles para su descarga en la sección descargas. La tabla versiones enumera otras versiones del recurso que se han puesto a disposición del público y permite seguir los cambios realizados en el recurso a lo largo del tiempo.

Versiones

La siguiente tabla muestra sólo las versiones publicadas del recurso que son de acceso público.

¿Cómo referenciar?

Los usuarios deben citar este trabajo de la siguiente manera:

Ramond J (2020): FBIP: Diversities of microbiomes from South African arid and natural soils. v1.0. South African National Biodiversity Institute. Dataset/Occurrence. http://ipt.sanbi.org.za/iptsanbi/resource?r=fbip11&v=1.0

Derechos

Los usuarios deben respetar los siguientes derechos de uso:

El publicador y propietario de los derechos de este trabajo es South African National Biodiversity Institute. Esta obra está bajo una licencia Creative Commons de Atribución/Reconocimiento (CC-BY 4.0).

Registro GBIF

Este recurso ha sido registrado en GBIF con el siguiente UUID: b9aab537-db65-4b7c-ab35-0a4877703dde.  South African National Biodiversity Institute publica este recurso y está registrado en GBIF como un publicador de datos avalado por South African Biodiversity Information Facility.

Palabras clave

Occurrence; Specimen

Contactos

Jean-Baptiste Ramond
  • Proveedor De Los Metadatos ●
  • Originador ●
  • Punto De Contacto
Research Fellow
University of Pretoria
Centre for Microbial Ecology and Genomics (CMEG), Natural Science Building 2 Office 3-20, Hatfied Campus, Lynwood Road
0083 Pretoria
Gauteng
ZA
0124206980
Mahlatse Kgatla
  • Procesador
FBIP Data Specialist
SANBI
2 Cussonia Avenue, Brummeria
0184 Pretoria
Gauteng
ZA
0128435196
http://fbip.co.za/contact/

Cobertura geográfica

South Africa (Northern Cape and Limpopo Province)

Coordenadas límite Latitud Mínima Longitud Mínima [-30,168, 16,908], Latitud Máxima Longitud Máxima [-24,495, 27,499]

Cobertura taxonómica

Diversities of microbiomes

Reino Fungi, Bacteria

Cobertura temporal

Fecha Inicial / Fecha Final 2017-02-28 / 2017-03-31

Datos del proyecto

To decipher edaphic microbial communities' diversities in South African natural terrestrial environments located in different aridity zones using phylogenetic/barcoding and shot-gun metagenomes

Título FBIP: Diversities of microbiomes from South African arid and natural soils
Identificador FBIS160422162807
Fuentes de Financiación Foundational Biodiversity Information Programme
Descripción del área de estudio South Africa (Northern Cape and Limpopo Province)

Personas asociadas al proyecto:

Jean-Baptiste Ramond
  • Investigador Principal

Métodos de muestreo

Three different soil biotopes will be sampled from each of the 4 National Parks (Namaqualand, Richtersveld, Kgalagadi and Marakele NPs). 4 true replicates (~300g each) from each biotope will be collected at the vertices of a 50m perpendicular cross. Each true replicate sample will correspond to a mixture of 5 pseudo-replicates taken within a 1m2 quadrat. A total of 48 (4x4x3) individual soil samples are thus expected.

Área de Estudio South Africa (Northern Cape and Limpopo Province)
Control de Calidad Quality filtering and OTU clustering were done simultaneously using USEARCH 61 (Edgar 2010). During quality filtering the short sequences, chimeras and duplicate sequences were removed. Chimeras were filtered out by de novo and reference based methods using UCHIME (Ashelford et al, 2005; Edgar et al, 2011). High quality paired-end forward reads (sequenced DNA molecule in the 5’-3’ direction) were then used to determine the sequencing depth of each metagenome in read alignment mode using Nonpareil v2.4. This program estimates the average sequence coverage by read redundancy (Rodriguez and Konstantinidis, 2014).

Descripción de la metodología paso a paso:

  1. Arid edaphic community barcoding: Soil metagenomic DNA extractions will be performed using commercial kits and send for 16S rRNA gene (Bacteria/Archaea) and ITS region (Fungi) Illumina MiSeq barcoding to a commercial company Shotgun metagenome sequencing: This approach involves the DNA sequencing of the whole microbial communities followed by intense computational analyses leading, notably, to the phylogenetic assignments of metabolic pathways and genes [7]. The Illumina HiSeq platform of a commercial company will be used and paired-end sequencing performed

Metadatos adicionales