Registros
Los datos en este recurso de registros biológicos han sido publicados como Archivo Darwin Core(DwC-A), el cual es un formato estándar para compartir datos de biodiversidad como un conjunto de una o más tablas de datos. La tabla de datos del core contiene 3.984 registros.
Este IPT archiva los datos y, por lo tanto, sirve como repositorio de datos. Los datos y los metadatos del recurso están disponibles para su descarga en la sección descargas. La tabla versiones enumera otras versiones del recurso que se han puesto a disposición del público y permite seguir los cambios realizados en el recurso a lo largo del tiempo.
Descargas
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Versiones
La siguiente tabla muestra sólo las versiones publicadas del recurso que son de acceso público.
¿Cómo referenciar?
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Ramond J (2020): FBIP: Diversities of microbiomes from South African arid and natural soils. v1.0. South African National Biodiversity Institute. Dataset/Occurrence. http://ipt.sanbi.org.za/iptsanbi/resource?r=fbip11&v=1.0
Derechos
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El publicador y propietario de los derechos de este trabajo es South African National Biodiversity Institute. Este trabajo está autorizado bajo una Licencia Creative Commons Atribución/Reconocimiento 4.0 Internacional (CC-BY) 4.0.
Registro GBIF
Este recurso ha sido registrado en GBIF con el siguiente UUID: b9aab537-db65-4b7c-ab35-0a4877703dde. South African National Biodiversity Institute publica este recurso y está registrado en GBIF como un publicador de datos avalado por South African Biodiversity Information Facility.
Palabras clave
Occurrence; Specimen
Contactos
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Cobertura geográfica
South Africa (Northern Cape and Limpopo Province)
| Coordenadas límite | Latitud Mínima Longitud Mínima [-30,168, 16,908], Latitud Máxima Longitud Máxima [-24,495, 27,499] |
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Cobertura taxonómica
Diversities of microbiomes
| Reino | Fungi, Bacteria |
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Cobertura temporal
| Fecha Inicial / Fecha Final | 2017-02-28 / 2017-03-31 |
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Datos del proyecto
To decipher edaphic microbial communities' diversities in South African natural terrestrial environments located in different aridity zones using phylogenetic/barcoding and shot-gun metagenomes
| Título | FBIP: Diversities of microbiomes from South African arid and natural soils |
|---|---|
| Identificador | FBIS160422162807 |
| Fuentes de Financiación | Foundational Biodiversity Information Programme |
| Descripción del área de estudio | South Africa (Northern Cape and Limpopo Province) |
Personas asociadas al proyecto:
Métodos de muestreo
Three different soil biotopes will be sampled from each of the 4 National Parks (Namaqualand, Richtersveld, Kgalagadi and Marakele NPs). 4 true replicates (~300g each) from each biotope will be collected at the vertices of a 50m perpendicular cross. Each true replicate sample will correspond to a mixture of 5 pseudo-replicates taken within a 1m2 quadrat. A total of 48 (4x4x3) individual soil samples are thus expected.
| Área de Estudio | South Africa (Northern Cape and Limpopo Province) |
|---|---|
| Control de Calidad | Quality filtering and OTU clustering were done simultaneously using USEARCH 61 (Edgar 2010). During quality filtering the short sequences, chimeras and duplicate sequences were removed. Chimeras were filtered out by de novo and reference based methods using UCHIME (Ashelford et al, 2005; Edgar et al, 2011). High quality paired-end forward reads (sequenced DNA molecule in the 5’-3’ direction) were then used to determine the sequencing depth of each metagenome in read alignment mode using Nonpareil v2.4. This program estimates the average sequence coverage by read redundancy (Rodriguez and Konstantinidis, 2014). |
Descripción de la metodología paso a paso:
- Arid edaphic community barcoding: Soil metagenomic DNA extractions will be performed using commercial kits and send for 16S rRNA gene (Bacteria/Archaea) and ITS region (Fungi) Illumina MiSeq barcoding to a commercial company Shotgun metagenome sequencing: This approach involves the DNA sequencing of the whole microbial communities followed by intense computational analyses leading, notably, to the phylogenetic assignments of metabolic pathways and genes [7]. The Illumina HiSeq platform of a commercial company will be used and paired-end sequencing performed
Metadatos adicionales
| Identificadores alternativos | http://ipt.sanbi.org.za/iptsanbi/resource?r=fbip11 |
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