Occurrence

FBIP: Cataloguing zoonotic tick-borne bacterial pathogen strain diversity in wild rodent species in rural South Africa

Dernière version Publié par South African National Biodiversity Institute le 30 septembre 2020 South African National Biodiversity Institute
The aim of the study is, therefore, to catalogue the tick-borne bacterial pathogen strain diversity present in wild rodent species in the Mnisi community that could impact human health by using a metagenomics approach.
Date de publication:
30 septembre 2020
Licence:
CC-BY 4.0

Enregistrements de données

Les données de cette ressource occurrence ont été publiées sous forme d'une Archive Darwin Core (Darwin Core Archive ou DwC-A), le format standard pour partager des données de biodiversité en tant qu'ensemble d'un ou plusieurs tableurs de données. Le tableur de données du cœur de standard (core) contient 108 enregistrements.

Cet IPT archive les données et sert donc de dépôt de données. Les données et métadonnées de la ressource sont disponibles pour téléchargement dans la section téléchargements. Le tableau des versions liste les autres versions de chaque ressource rendues disponibles de façon publique et permet de tracer les modifications apportées à la ressource au fil du temps.

Téléchargements

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Versions

Le tableau ci-dessous n'affiche que les versions publiées de la ressource accessibles publiquement.

Comment citer

Les chercheurs doivent citer cette ressource comme suit:

Oosthuizen M (2020): FBIP: Cataloguing zoonotic tick-borne bacterial pathogen strain diversity in wild rodent species in rural South Africa. v1.0. South African National Biodiversity Institute. Dataset/Occurrence. http://ipt.sanbi.org.za/iptsanbi/resource?r=fbip2&v=1.0

Droits

Les chercheurs doivent respecter la déclaration de droits suivante:

L’éditeur et détenteur des droits de cette ressource est South African National Biodiversity Institute. Ce travail est sous licence Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0.

Enregistrement GBIF

Cette ressource a été enregistrée sur le portail GBIF, et possède l'UUID GBIF suivante : eb8708e4-5788-4c44-89c9-ef54e4423086.  South African National Biodiversity Institute publie cette ressource, et est enregistré dans le GBIF comme éditeur de données avec l'approbation du South African Biodiversity Information Facility.

Mots-clé

Occurrence; Specimen

Contacts

Personne ayant créé cette ressource:

Marinda Oosthuizen
Professor
University of Pretoria
Faculty of Veterinary Science, Arnold Theiler Building, Room 2.20-3, Hatfied Campus, Soutpan Road (M35)
0110 Pretoria
Gauteng
ZA
0125298390

Personne pouvant répondre aux questions sur la ressource:

Marinda Oosthuizen
Professor
University of Pretoria
Faculty of Veterinary Science, Arnold Theiler Building, Room 2.20-3, Hatfied Campus, Soutpan Road (M35)
0110 Pretoria
Gauteng
ZA
0125298390

Personne ayant renseigné les métadonnées:

Marinda Oosthuizen
Professor
University of Pretoria
Faculty of Veterinary Science, Arnold Theiler Building, Room 2.20-3, Hatfied Campus, Soutpan Road (M35)
0110 Pretoria
Gauteng
ZA
0125298390

Autres personnes associées à la ressource:

Distributeur
Mahlatse Kgatla
FBIP Data Specialist
SANBI
2 Cussonia Avenue, Brummeria
0184 Pretoria
Gauteng
ZA
0128435196
http://fbip.co.za/contact/

Couverture géographique

South Africa (Mpumalanga)

Enveloppe géographique Sud Ouest [-24,827, 31,33], Nord Est [-24,617, 32,371]

Couverture taxonomique

Catalogue the tick-borne bacterial pathogen strain diversity present in wild rodent species

Genus  Anaplasma (Bacteria),  Mastomys (Rodents)

Couverture temporelle

Date de début / Date de fin 2012-04-01 / 2016-04-05

Données sur le projet

The aim of the study is, therefore, to catalogue the tick-borne bacterial pathogen strain diversity present in wild rodent species in the Mnisi community that could impact human health by using a metagenomics approach.

Titre FBIP: Cataloguing zoonotic tick-borne bacterial pathogen strain diversity in wild rodent species in rural South Africa
Identifiant FBIS170330225236
Financement Foundational Biodiversity Information Programme
Description du domaine d'étude / de recherche South Africa (Mpumalanga)

Les personnes impliquées dans le projet:

Chercheur Principal
Marinda Oosthuizen

Méthodes d'échantillonnage

-Ethical clearance through the Animal Ethics Committee (AEC) of the University of Pretoria was obtained (V046-14 and V030-14). -302 rodent blood samples across three habitat types (urban/periurban, communal rangelands, adjacent protected rangeland areas) in Mnisi has already been collected. Further Trapping will be done using Sherman-type traps; five sites will be pre-selected per habitat type; 50 traps will be used/site for up to 5 consecutive days. Traps will be baited with peanut butter, oats and marmite, checked twice/day. We aim to trap at least 15-20 individuals of 10 main species of rodents in each of the habitat types (n=600). Targeted species will be euthanized, blood will be collected immediately after euthanasian by cardiocentesis. Carcasses will be placed individually in sealed plastic bags and frozen.

Etendue de l'étude South Africa (Mpumalanga) in Mnisi
Contrôle qualité NA

Description des étapes de la méthode:

  1. -Apart from identifying rodent species by means of the Stuarts’ Field Guide to Mammals of Southern Africa (Stuart & Stuart, 2001), species verification will be done using sequence analysis of the mitochondrial gene Cytochrome Oxidase I (COI) -Catalogue the occurrence of the tick-borne bacterial pathogens present in wild rodent species by DNA analysis of the rodent microbiome. -Establish the genetic diversity of A. phagocytophilum strains by using specific gene markers.

Métadonnées additionnelles