Registros
Los datos en este recurso de registros biológicos han sido publicados como Archivo Darwin Core(DwC-A), el cual es un formato estándar para compartir datos de biodiversidad como un conjunto de una o más tablas de datos. La tabla de datos del core contiene 108 registros.
Este IPT archiva los datos y, por lo tanto, sirve como repositorio de datos. Los datos y los metadatos del recurso están disponibles para su descarga en la sección descargas. La tabla versiones enumera otras versiones del recurso que se han puesto a disposición del público y permite seguir los cambios realizados en el recurso a lo largo del tiempo.
Descargas
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Versiones
La siguiente tabla muestra sólo las versiones publicadas del recurso que son de acceso público.
¿Cómo referenciar?
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Oosthuizen M (2020): FBIP: Cataloguing zoonotic tick-borne bacterial pathogen strain diversity in wild rodent species in rural South Africa. v1.0. South African National Biodiversity Institute. Dataset/Occurrence. http://ipt.sanbi.org.za/iptsanbi/resource?r=fbip2&v=1.0
Derechos
Los usuarios deben respetar los siguientes derechos de uso:
El publicador y propietario de los derechos de este trabajo es South African National Biodiversity Institute. Este trabajo está autorizado bajo una Licencia Creative Commons Atribución/Reconocimiento 4.0 Internacional (CC-BY) 4.0.
Registro GBIF
Este recurso ha sido registrado en GBIF con el siguiente UUID: eb8708e4-5788-4c44-89c9-ef54e4423086. South African National Biodiversity Institute publica este recurso y está registrado en GBIF como un publicador de datos avalado por South African Biodiversity Information Facility.
Palabras clave
Occurrence; Specimen
Contactos
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Cobertura geográfica
South Africa (Mpumalanga)
| Coordenadas límite | Latitud Mínima Longitud Mínima [-24,827, 31,33], Latitud Máxima Longitud Máxima [-24,617, 32,371] |
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Cobertura taxonómica
Catalogue the tick-borne bacterial pathogen strain diversity present in wild rodent species
| Género | Anaplasma (Bacteria), Mastomys (Rodents) |
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Cobertura temporal
| Fecha Inicial / Fecha Final | 2012-04-01 / 2016-04-05 |
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Datos del proyecto
The aim of the study is, therefore, to catalogue the tick-borne bacterial pathogen strain diversity present in wild rodent species in the Mnisi community that could impact human health by using a metagenomics approach.
| Título | FBIP: Cataloguing zoonotic tick-borne bacterial pathogen strain diversity in wild rodent species in rural South Africa |
|---|---|
| Identificador | FBIS170330225236 |
| Fuentes de Financiación | Foundational Biodiversity Information Programme |
| Descripción del área de estudio | South Africa (Mpumalanga) |
Personas asociadas al proyecto:
Métodos de muestreo
-Ethical clearance through the Animal Ethics Committee (AEC) of the University of Pretoria was obtained (V046-14 and V030-14). -302 rodent blood samples across three habitat types (urban/periurban, communal rangelands, adjacent protected rangeland areas) in Mnisi has already been collected. Further Trapping will be done using Sherman-type traps; five sites will be pre-selected per habitat type; 50 traps will be used/site for up to 5 consecutive days. Traps will be baited with peanut butter, oats and marmite, checked twice/day. We aim to trap at least 15-20 individuals of 10 main species of rodents in each of the habitat types (n=600). Targeted species will be euthanized, blood will be collected immediately after euthanasian by cardiocentesis. Carcasses will be placed individually in sealed plastic bags and frozen.
| Área de Estudio | South Africa (Mpumalanga) in Mnisi |
|---|---|
| Control de Calidad | NA |
Descripción de la metodología paso a paso:
- -Apart from identifying rodent species by means of the Stuarts’ Field Guide to Mammals of Southern Africa (Stuart & Stuart, 2001), species verification will be done using sequence analysis of the mitochondrial gene Cytochrome Oxidase I (COI) -Catalogue the occurrence of the tick-borne bacterial pathogens present in wild rodent species by DNA analysis of the rodent microbiome. -Establish the genetic diversity of A. phagocytophilum strains by using specific gene markers.
Metadatos adicionales
| Identificadores alternativos | http://ipt.sanbi.org.za/iptsanbi/resource?r=fbip2 |
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