FBIP: Cataloguing zoonotic tick-borne bacterial pathogen strain diversity in wild rodent species in rural South Africa

Registros biológicos
Última versión publicado por South African National Biodiversity Institute el sept 30, 2020 South African National Biodiversity Institute
Fecha de publicación:
30 de septiembre de 2020
Licencia:
CC-BY 4.0

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Descripción

The aim of the study is, therefore, to catalogue the tick-borne bacterial pathogen strain diversity present in wild rodent species in the Mnisi community that could impact human health by using a metagenomics approach.

Registros

Los datos en este recurso de registros biológicos han sido publicados como Archivo Darwin Core(DwC-A), el cual es un formato estándar para compartir datos de biodiversidad como un conjunto de una o más tablas de datos. La tabla de datos del core contiene 108 registros.

Este IPT archiva los datos y, por lo tanto, sirve como repositorio de datos. Los datos y los metadatos del recurso están disponibles para su descarga en la sección descargas. La tabla versiones enumera otras versiones del recurso que se han puesto a disposición del público y permite seguir los cambios realizados en el recurso a lo largo del tiempo.

Versiones

La siguiente tabla muestra sólo las versiones publicadas del recurso que son de acceso público.

¿Cómo referenciar?

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Oosthuizen M (2020): FBIP: Cataloguing zoonotic tick-borne bacterial pathogen strain diversity in wild rodent species in rural South Africa. v1.0. South African National Biodiversity Institute. Dataset/Occurrence. http://ipt.sanbi.org.za/iptsanbi/resource?r=fbip2&v=1.0

Derechos

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El publicador y propietario de los derechos de este trabajo es South African National Biodiversity Institute. Esta obra está bajo una licencia Creative Commons de Atribución/Reconocimiento (CC-BY 4.0).

Registro GBIF

Este recurso ha sido registrado en GBIF con el siguiente UUID: eb8708e4-5788-4c44-89c9-ef54e4423086.  South African National Biodiversity Institute publica este recurso y está registrado en GBIF como un publicador de datos avalado por South African Biodiversity Information Facility.

Palabras clave

Occurrence; Specimen

Contactos

Marinda Oosthuizen
  • Proveedor De Los Metadatos ●
  • Originador ●
  • Punto De Contacto
Professor
University of Pretoria
Faculty of Veterinary Science, Arnold Theiler Building, Room 2.20-3, Hatfied Campus, Soutpan Road (M35)
0110 Pretoria
Gauteng
ZA
0125298390
Mahlatse Kgatla
  • Distribuidor
FBIP Data Specialist
SANBI
2 Cussonia Avenue, Brummeria
0184 Pretoria
Gauteng
ZA
0128435196
http://fbip.co.za/contact/

Cobertura geográfica

South Africa (Mpumalanga)

Coordenadas límite Latitud Mínima Longitud Mínima [-24,827, 31,33], Latitud Máxima Longitud Máxima [-24,617, 32,371]

Cobertura taxonómica

Catalogue the tick-borne bacterial pathogen strain diversity present in wild rodent species

Género Anaplasma (Bacteria), Mastomys (Rodents)

Cobertura temporal

Fecha Inicial / Fecha Final 2012-04-01 / 2016-04-05

Datos del proyecto

The aim of the study is, therefore, to catalogue the tick-borne bacterial pathogen strain diversity present in wild rodent species in the Mnisi community that could impact human health by using a metagenomics approach.

Título FBIP: Cataloguing zoonotic tick-borne bacterial pathogen strain diversity in wild rodent species in rural South Africa
Identificador FBIS170330225236
Fuentes de Financiación Foundational Biodiversity Information Programme
Descripción del área de estudio South Africa (Mpumalanga)

Personas asociadas al proyecto:

Marinda Oosthuizen
  • Investigador Principal

Métodos de muestreo

-Ethical clearance through the Animal Ethics Committee (AEC) of the University of Pretoria was obtained (V046-14 and V030-14). -302 rodent blood samples across three habitat types (urban/periurban, communal rangelands, adjacent protected rangeland areas) in Mnisi has already been collected. Further Trapping will be done using Sherman-type traps; five sites will be pre-selected per habitat type; 50 traps will be used/site for up to 5 consecutive days. Traps will be baited with peanut butter, oats and marmite, checked twice/day. We aim to trap at least 15-20 individuals of 10 main species of rodents in each of the habitat types (n=600). Targeted species will be euthanized, blood will be collected immediately after euthanasian by cardiocentesis. Carcasses will be placed individually in sealed plastic bags and frozen.

Área de Estudio South Africa (Mpumalanga) in Mnisi
Control de Calidad NA

Descripción de la metodología paso a paso:

  1. -Apart from identifying rodent species by means of the Stuarts’ Field Guide to Mammals of Southern Africa (Stuart & Stuart, 2001), species verification will be done using sequence analysis of the mitochondrial gene Cytochrome Oxidase I (COI) -Catalogue the occurrence of the tick-borne bacterial pathogens present in wild rodent species by DNA analysis of the rodent microbiome. -Establish the genetic diversity of A. phagocytophilum strains by using specific gene markers.

Metadatos adicionales