Registros
Los datos en este recurso de registros biológicos han sido publicados como Archivo Darwin Core(DwC-A), el cual es un formato estándar para compartir datos de biodiversidad como un conjunto de una o más tablas de datos. La tabla de datos del core contiene 450 registros.
Este IPT archiva los datos y, por lo tanto, sirve como repositorio de datos. Los datos y los metadatos del recurso están disponibles para su descarga en la sección descargas. La tabla versiones enumera otras versiones del recurso que se han puesto a disposición del público y permite seguir los cambios realizados en el recurso a lo largo del tiempo.
Descargas
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Versiones
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¿Cómo referenciar?
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Jacobs A (2019): FBIP: Barcoding of the national collection of fungi: with special Emphasis on Hypocrealean fungi. v1.0. South African National Biodiversity Institute. Dataset/Occurrence. http://ipt.sanbi.org.za/iptsanbi/resource?r=barcoding&v=1.0
Derechos
Los usuarios deben respetar los siguientes derechos de uso:
El publicador y propietario de los derechos de este trabajo es South African National Biodiversity Institute. Este trabajo está autorizado bajo una Licencia Creative Commons Atribución/Reconocimiento 4.0 Internacional (CC-BY) 4.0.
Registro GBIF
Este recurso ha sido registrado en GBIF con el siguiente UUID: b5cd47e0-0039-4092-a77f-7493b586a3e1. South African National Biodiversity Institute publica este recurso y está registrado en GBIF como un publicador de datos avalado por South African Biodiversity Information Facility.
Palabras clave
Barcoding; Hypocrealean; Fungi; DNA; BLAST; Specimen
Contactos
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Cobertura geográfica
Limpopo, Norther West, Gauteng, Mpumalanga, KwaZulu Natal, Eastern Cape, Free State, Western Cape
| Coordenadas límite | Latitud Mínima Longitud Mínima [-34,886, 16,348], Latitud Máxima Longitud Máxima [-22,106, 32,959] |
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Cobertura taxonómica
Most specimen have been identified to Genus and Species level, some are identified to Phylum and Class level
| Filo | Fungi |
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Cobertura temporal
| Fecha Inicial / Fecha Final | 1993-06-01 / 2017-07-23 |
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Datos del proyecto
The main aim of this study is to expand the current knowledge basis on soil fungi by generating DNA barcodes for isolates in the NCF that has not been identified to species level as they could represent new species. The focus will be on the large portion of strains. representing the plant pathogenic and beneficial genera Fusarium and Trichoderma, respectively.
| Título | Barcoding of the national collection of fungi: with special Emphasis on Hypocrealean fungi |
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| Identificador | FBIS150520118174 |
| Fuentes de Financiación | Funding from Foundational Biodiversity Information Programme (FBIP) |
| Descripción del área de estudio | Limpopo, Norther West, Gauteng, Mpumalanga, KwaZulu Natal, Eastern Cape, Free State, Western Cape |
Personas asociadas al proyecto:
Métodos de muestreo
samples where sourced from Agricultural Reasearch Council collection of living specimens.
| Área de Estudio | South Africa |
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Descripción de la metodología paso a paso:
- Strain selection: Strains representing the order Hypocreales will be selected based on the following criteria: a)No Sequence data available for the strain b) Morphological identification done to genus level or higher and c) Isolate obtained from soil . These will include strains from the MRC PROMEC collection as the ARC is now the custodians of this world renowned collection of fungi of medical importance. Amplicon generation: DNA extractions and amplification of target gene. The target gene will be genus specific as the ITS gene region doesn't provide species level identification for this group of fungi. For the genera Fusarium and Trichoderma it will be the translation elongation factor 1a gene as (Geiser et al., 2004; European Journal of Plant Pathology 110: 473-479; O’ Donnell et al., 2012; Mycologia, 104: 427–445; Druzhinina et al., Microbiology (2008), 154, 3447–3459. Data analyses: BLAST analyses will be done on the obtained sequence data using a number of international mycological databases such as TrichoMARK, Fusarium MLST and Fusarium ID, MycoBank and NCBI GenBank. The DNA based identification will be used to update the information in the NCF's database. This will also ensure that data is available on these selected strains that would be incorporated in taxonomic re-evaluations of orders, species complexes etc., and will be available for research sectors in agriculture, health, and industry. Population of databases: The newly generated data will be incorporate in the soil and phytopathogenic databases' BLAST tool which will also consult existing data in CBS, NCF and NCBI GenBank. The data will also be deposited in the BOLD database. Collaborative research: The barcoded species will be included in taxonomic and phylogenetic revisions that are currently being performed by the researchers located at the NCF (ARC-PPR) and both national and internationally.
Metadatos adicionales
| Identificadores alternativos | http://ipt.sanbi.org.za/iptsanbi/resource?r=barcoding |
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